Nuotr.: © Mindaugas Šematulskis, Birutė Malaškevičiūtė, pamatykLietuvoje.lt
Bažnyčia pastatyta 1863 m., vietoj prieš šešerius metus sudegusios senosios. Jos architektūra – baroko ir klasicizmo junginys. Pirmoji bažnyčia Punioje pastatyta 1425 m., manoma, kur dabar stovi bokšto formos mūrinė koplytėlė, skirta 1831 m. sukilimo dalyviams atminti. Pasakojama, kad tuokart bažnyčią statyti paliepęs Vytautas Didysis, todėl jo atminimas gerbiamas iki šių dienų – bažnyčioje kabo šio kunigaikščio portretas.
Apeinamą altorių puošia Šv. Kazimiero ir Šv. Stanislovo skulptūros. Tai retenybė Lietuvoje, kai pagrindiniame altoriuje yra ne tikėjimą globojantys šventieji, o šalį (Šv. Kazimieras – Lietuvos globėjas) ir vietovę (Šv. Stanislovas vaizduojamas Punios herbe). Pagrindinis altoriaus paveikslas yra keičiamas: per religines šventes Šv. apaštalas Jokūbo paveikslas pakeičiamas Švč. Jėzaus Širdies paveikslu. Vienoje iš bažnyčios navų sienų yra 1901 m. krikščionybės jubiliejui atminti paminklinė lenta su įrašu lietuvių ir lotynų kalbomis, kad pabučiavus lentelės kryžių ir sukalbėjus „Tėve Mūsų" galima gauti 200 dienų atlaidų. Bažnyčios presbiterijoje kabo žymaus dalininko Nikodemo Silvanavičiaus drobė „Šv. Pranciškus Asyžietis" (1889 m.).
Punios Šv. apaštalo Jokūbo bažnyčia įtraukta į Nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą, Šv. Jokūbo kelią Lietuvoje, yra Nemunų kilpų regioniniame parke.
