Nuotr.: © Irmantas Šalaševičius, Audrius Mielkus, Gintaras Vitulskis
Marijampolės evangelikų bendruomenė 1819 m. gavo leidimą įkurti parapiją ir pastatyti bažnyčią.
Kol buvo statoma bažnyčia parapijai atiduotas kariškiams nebereikalingas šiaurinėje miesto dalyje esantis „prūsiško mūro magazinas“ (sandėlis), kuris stovėjo ne dabartinės bažnyčios vietoje, o kelio į Kauną rytinėje pusėje. 1821 m. nutarta šiam pastatui pristatyti bokštą. K. Setleris nemokamai nukalė bokštui varinį kupolą, o 1822 m. maldos namai buvo pašventinti. Tačiau tik ką įkurta parapija neturėjo kunigo. Išlikęs linksmas pasakojimas apie tai, kaip Tarybos narys Trapas įteikė carui Aleksandrui I-ajam prašymą, kuriame buvo prašoma valstybės pagalbos parapijos ir kunigo išlaikymui. Norėdamas atkreipti per Marijampolę keliaujančio imperatoriaus dėmesį (1824 m.), Trapas pasibalnojo arklį ir pasileido joti. Staiga ir raitelis, ir arklys lyg skradžiai žemę prasmego – abu nugarmėjo į vieną iš daugybės ten buvusių rūsių. Sako, kad caras tikrai „nelaimėlį“ pastebėjęs ir priėmęs prašymą – kiek šioje istorijoje teisybės, galime tik spėlioti.
1829 ar 1831 m. Marijampolės evangelikų parapijos pirmuoju kunigu buvo Karlas Heinrichas Lange, jam dirbant pastatyta klebonija, bažnyčia, mokykla. 1835 m. apskrities statybininkas Karolis Kaminskis parengė bažnyčios projektą. Statybą finansavo vietos valdžia, Seirijų Radvilos bei Kvietiškio dvaro valdytoja O. Sapiegienė, tačiau darbai užtruko iki 1841 m. Tuo pačiu metu šalia bažnyčios, lygiagrečiai su gatve, buvo pastatytas mūrinis vieno aukšto evangelikų liuteronų mokyklos (kolegijos) pastatas.
1849 m. parapijos kunigu paskirtas Davidas Bergmanas. 1850 m. Henrikas Markonis suprojektavo liuteronų bažnyčios bokštą su varpinę. Šis klasicistinės architektūros ketursienis bokštas buvo pastatytas bažnyčios rytiniame gale, prie Peterburgo (Kauno) gatvės. Kiti šaltiniai teigia, kad bokštas pastatytas tarp 1874 ir 1893 m., kai parapijai vadovavo kunigas Karlas Julius Pastenacis. Penktuoju parapijos kunigu ir klebonu, kuris čia kunigavo 1894–1941 m., paskirtas Emilis Eichelbergeris. Šis dvasininkas taip pat dėstė tikybą bei vokiečių kalbą Rygiškių Jono gimnazijoje bei Mokytojų seminarijoje. XX a. ketvirtajame dešimtmetyje liuteronų bendruomenė išaugo (apie 2000 žmonių). Bažnyčioje pamaldos buvo laikomos vokiečių ir lietuvių kalbomis. Tarp lietuvių ir vokiečių tautybės tikinčiųjų kildavo nesutarimų, todėl 1936 m. Marijampolėje buvo įsteigtas Evangelikų Liuteronų Lietuvių Sąjungos skyrius.
Prasidėjus II-ajam Pasauliniam karui ir Sovietinei okupacijai Marijampolės evangelikų liuteronų bendruomenė buvo išblaškyta, bažnyčia suniokota, uždaryta ir paversta grūdų sandėliu, vėliau – sporto sale prie kurios buvo pristatytas baseino priestatas. Kunigo name įsikūrė J. Jablonskio vidurinės mokyklos pradinės klasės.
1984 m. pagal architekto A. Lukoševičiaus paruoštą projektą bažnyčia pradėta restauruoti valdžios lėšomis. Restauruojant kunigo namas buvo sujungtas su bažnyčios pastatu ir atstatytas karo metu sugriautas bokštas su varpine (projekto autorius – V. Medelis). Atnaujintas kunigo namas buvo atiduotas Mokytojų namams. 1988 m. katalikų klebono S. Sakalausko ir Marijampolės vykdomojo komiteto pirmininko K. Subačiaus iniciatyva nutarta bažnyčią pertvarkyti į koncertų salę. Architektas Z. Galadauskas paruošė naują interjero projektą, tačiau taip ir nespėjo jo įgyvendinti.
Lietuvai atgavus nepriklausomybę, 1990-06-27 Marijampolės savivaldybėje įregistruota evangelikų liuteronų religinė bendruomenė. 1992-10-30 parapijai sugrąžinama bažnyčia ir pastoriaus namas. Mokytojų namai iš šių pastatų išsikelia tik 1993-01-06. 1994 m. architektai G. Vieversys ir L. Tumynienė paruošė bažnyčios rekonstravimo projektus. 1995-07-02 Marijampolės evangelikų liuteronų bažnyčioje įvyko pirmosios mišios. 1995-12-13 ant bažnyčios bokšto vietoje vėjarodės įstatomas kryžius, projekto autorius – V. Medelis. 1995-12-21 pakabinamas 650 kg varpas, išlietas Vokietijoje 1949 m., dovanotas kunigo Bernhard Bonkhof (Vokietija, Grosbundenbacho miestas).
