Nuotr.: © visitjoniskis.lt, Audrius Mielkus
Miesto centre yra dviejų mūrinių XIX a. sinagogų kompleksas. Jį sudaro įspūdingų vėlyvojo klasicizmo ir romantizmo formų vasarinė „Baltoji“ sinagoga ir istorizmo laikotarpio, su neogotikos architektūros elementais, žieminė „Raudonoji“ sinagoga (Miesto a. 4B). Restauruotos sinagogos tapo svarbiais miesto kultūriniais ir reprezentaciniais centrais. Jose vyksta Europos žydų kultūros dienų renginiai, konferencijos ir seminarai, menininkų kūrybos pristatymai ir koncertai, leidinių ir parodų pristatymai. Raudonojoje sinagogoje yra atkurtas ir restauruotas unikalus interjeras – lubų puošyba, sienų tapyba, aron kodešas (hebr. – šventoji skrynia), kuriame būdavo saugomi Toros ritiniai. Sinagogoje įrengta ekspozicija „Joniškio krašto žydų istorija ir kultūra“, kuri reprezentuoja Joniškio žydų bendruomenės istoriją iki Antrojo pasaulinio karo. Baltojoje sinagogoje veikia ekspozicija, kurioje panaudojus modernias eksponavimo priemones, kūrybiškai perteikiama Joniškio istorinė raida, svarbiausieji miesto istorijos momentai.
Manoma, kad XVIII a. antroje pusėje Joniškio mieste apsigyveno pirmieji žydai. Miesto valdžia leido žydams prekiauti miesto turguje ir prekymečiuose, todėl žydų bendruomenė sparčiai gausėjo. 1797 m. jiems leista pasistatyti sinagogą ir paskirtas sklypas kapinėms.
1823 m. Joniškyje buvo pastatyta Baltoji – vasarinė – sinagoga. Sinagogos išorės formose persipynė vėlyvojo klasicizmo ir romantizmo stilių bruožai. Sinagogos fasadus vertikaliai skaido piliastrai ir aukšti pusapvalių arkų langai, o horizontaliai juosia karnizas su smulkiais dantukais. Iš visų keturių pusių stogo šlaitus pridengia frontonai, kuriuos, kaip ir sienas, simetriškai skaido piliastrai ir pusapskričių arkų langai. Sinagogos eksterjere nerasime aiškių judaizmo simbolių, tik galinių fasadų frontonuose suporuoti maži pusapvalių arkų langeliai yra užuomina į Dekalogo lenteles.
Pasakojama, kad Baltoji sinagoga buvo skirta iškilmingoms progoms. Sinagogos sienas puošė nutapyti įvairūs muzikos instrumentai. Antrojo pasaulinio karo metais sunaikinus Joniškio žydų bendruomenę, sinagoga buvo uždaryta. Pokario metais joje įrengtas sandėlis, o vėliau – sporto salė. Pastato išplanavimas buvo pakeistas, o interjeras sunaikintas. Pagal Baltosios sinagogos pritaikymo visuomenės poreikiams projektą, kuriam skirtos Europos Ekonominės Erdvės ir Lietuvos valstybės lėšos, sutvarkytas sinagogos vidus ir baigti fasado tvarkybos darbai.
Joniškio žydų bendruomenei sparčiai augant, apie 1842 m. buvo pastatyta antra mūrinė, istorizmo laikotarpio Raudonoji – žieminė – sinagoga, turinti neogotikos architektūros bruožų. Vakarinį sinagogos fasadą vainikuoja puošnus frontonas su pusapvalėmis nišomis, sugrupuotais langais, simbolizuojančiais Dekalogo lenteles ir Dovydo žvaigždės motyvu viršutinėje centrinėje frontono dalyje. Rytiniame fasade yra išryškinta aron kodešo (hebr. – šventoji skrynia) iškyša, kurioje būdavo laikomi Toros ritiniai. Sinagogos sienas puošia tapytos kolonos su jonėniniais kapiteliais, o sienų viršų juosia dažytas karnizas ir stilizuotas geometrinių formų ištapytas frizas. Sinagogos lubos dekoruotos reljefiniais polichrominiais ornamentais ir tapytų gėlių girliandomis.
1911 m. Raudojoje sinagoga nukentėjo mieste kilusio gaisro metu, tačiau netrukus buvo atstatyta. Po Antrojo pasaulinio karo sinagogoje įrengtos stalių dirbtuvės, vilnų karšykla, vėliau – sandėlis ir katilinė, o antrojo aukšto galerijoje buvo įrengtas butas.
2007 m. sugriuvus sinagogos rytinei sienai, unikalaus valstybės saugomo kultūros paveldo objekto būklė tapo kritinė. Joniškio rajono savivaldybė ėmėsi aktyvių veiksmų sinagogą išsaugoti. 2011 m. Europos Ekonominės Erdvės bei Norvegijos finansinio mechanizmo paramos dėka sinagoga buvo atstatyta. 2014 m. sinagogos viduje atkurti sienų tapybos ir lubų puošybos elementai, atstatytas aron kodešas.